Milazzo fu fondata dagli abitanti di Zancle (???????), l'odierna Messina, perché l'importanza della pólis risiedeva nella colocazione strategica sullo Stretto ed era serrata tra il mare e il monte: dunque ciò condizionava il suo sviluppo territoriale. Gli Zanclei fondarono una subcolonia in una penisola e promontorio, tutto proteso verso l'arcipelago delle Isole Eolie: Mylái (?????), chiamata dai Romani Mylæ e,poi, dagli Arabi Melaz (???), quindi Milazzo. L'acropoli sorgeva sulla collina, dove oggi è situato il castello medioevale, il centro abitato ai piedi e lungo la collina, dove oggi si trova il Borgo Antico, il centro storico, e la necropoli sull'istmo che delimita il promontorio, dove c'è il centro abitato odierno.
Milazzo non fu mai un centro culturale nell'Isola, bensì un importante centro mercantile e portuale, soprattutto per la prossimità con le Isole Eolie e con i Fenicio-cartaginesi della zona occidentale della Sicilia. Infatti, durante la prima guerra punica fu combattuta la famosa battaglia navale (260 a.C.) che sbaragliò definitivamente i Cartaginesi e il loro predominia sul mare, guidata dal comandante Caio Duilio, e che fece dare al mar Tirreno l'appellativo di «Mare nostrum» («il nostro mare»).
I primi, dopo la caduta dell'Impero romano d'Occidente (476 d.C.), a insediarsi a Milazzo furono gli Arabi saraceni, provenienti dal sud della Sicilia e dal Nordafrica (Tunisia, Libia) nel VIII secolo d.C., edificando ciò che sarà, in seguito, il primo nucleo del Castello, il Mastio, con la tipica decorazione a spina di pesce, la pietra lavica agli angoli e spigoli dei muri e delle aperture, e gli archi a ogiva delle porte, e all'interno con una piccola moschea: infatti ancora oggi è possibile vedere il mi?rab,la nicchia che indicava la direzione di La Mecca.
Gli Arabi, inoltre, diedero per primi il simbolo di Milazzo, non l'aquila, attinta dal patrimonio romano, ma lo Scarabeo. Su un muro di cinta è disegnato in pietra lavica uno scarabeo, le cui ali sono occhi. Non si conosce con certezza il significato, ma si è supposto a una funzione mistico-religiosa (forse gli occhi di Dio) o a una funzione apotropaica, oppure a una sorta di calendario giornaliero; infatti, la penisola è perfettamente rivolta a Nord, mentre le ali-occhi sono rivolti uno perfettamente a Oriente e l'altro a Occidente sì, da sembrare un memento delle fasi giornaliere.
Molti scrittori arabi, anche posteriori, rimasero sempre incantati dalla bellezza del paesaggio. Il poeta, geografo, storico della corte di Ruggero II d'Altavilla, Idrisi o Eidrisi, scrisse in un reportage commissionatogli direttamente dal re, che «non esiste terra né paese più bello ed emozionante di Milazzo».
Infine, venne a Milazzo l'imperatore Federico II di Svevia, che vi pose una sede militare ampliando e cingendo con una cinta muraria il mastio, seguendo, però, lo stile arabo con la pietra lavica e gli archi a ogiva, e scrisse in una lettera che a Milazzo egli avrebbe dato vita alla sua "creatura", a Milazzo Federico II creò il suo parco personale di caccia, che ancora oggi prende il nome di Parco ed è una frazione del Comune di Milazzo.